1、

　　2024年7月31日，西湖大学医学院、西湖实验室解明岐团队在Cell杂志上发表了题为“Multi-layered computational gene networks by engineered tristate logics”的最新研究成果，首次提出利用“三态门”电路/逻辑来设计基因线路的策略(TriLoS)，为人体细胞编写“代码”，使其能够开展智能生物计算和细胞疗法。研究提出的TriLoS设计理念，以“三态门”为基本逻辑单元，成功升级了生物计算的“编辑语言”，使设计哺乳动物细胞计算的 “基因软件”能够真正意义上模块化、逻辑最简化和工程化，从而实现单细胞的复杂逻辑计算网络和细胞逻辑电路，更将“生物计算机”的概念应用于复杂代谢性疾病的治疗，根据疾病的状态使细胞可以及时启动不同的定制化治疗程序。这项工作对现代智能生物计算的发展及其在精准医疗领域的应用具有重要意义。

　　文章链接：https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(24)00716-5

　　2、

　　2024年7月31日，西湖大学医学院、西湖实验室郭天南团队，联合浙江省肿瘤医院郑智国、朱笕青，浙江大学华跃进团队，在Nature Communications上发表了卵巢癌蛋白组学新研究“Proteomic landscape of epithelial ovarian cancer”，建立了上皮性卵巢癌的多病理类型蛋白质组学全景图，为改进诊断和治疗策略提供了新的见解。

　　文章链接：https://www.nature.com/articles/s41467-024-50786-z

　　3、

　　2024年8月1日，西湖大学工学院向宇轩团队以“Stabilizing Interlayer Repulsion in Layered Sodium-Ion Oxide Cathodes via Hierarchical Layer Modification”为题在材料期刊Advanced Materials上发表研究成果，他们提出“多层级”材料修饰策略，旨在稳定钠离子层状氧化物材料的层间静电斥力，从而抑制电极在高电压处不利相变的发生。通过巧妙地“植入”不同的微量元素到层状金属氧化物的钠层、过渡金属层和氧层中，有效地“锁定”了材料结构，使其在充放电过程中更加稳定。

　　文章链接：https://doi.org/10.1002/adma.202407519

　　4、

　　2024年8月6日，西湖大学理学院石航团队回顾了亲芳香环π酸催化SNAr反应的发展历程，在Accounts of Chemical Research上发表题为“Nucleophilic Aromatic Substitution of Halobenzenes and Phenols with Catalysis by Arenophilic π Acids”的综述文章。石航课题组基于过渡金属π配位活化策略，开发了一系列亲芳香环π酸催化的烷基卤代物和苯酚的SNAr反应。文章总结部分指出了领域内现存的挑战，期望通过催化剂的开发和π配位活化机制的研究而推动亲芳香环π酸应用的发展。

　　文章链接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39042917/

　　5、

　　2024年8月7日，西湖大学理学院、人工光合作用与太阳能燃料中心孙立成团队在Journal of the American Chemical Society上发表了题为“Cluster-Level Heterostructure of PMo12/Cu for Efficient and Selective Electrocatalytic Hydrogenation of High-Concentration 5‑Hydroxymethylfurfural”的研究论文。研究团队通过在Cu纳米线表面负载Keggin型磷钼酸(H3PMo12O40，PMo12)团簇，制备了团簇级异质结构的PMo12/Cu催化剂。该催化剂能够将5-羟甲基糠醛(HMF)电催化加氢至2,5-二羟甲基呋喃(BHMF)，并且在高底物浓度(1.0 M)下表现出前所未有的高选择性，法拉第效率高达98%，BHMF的生成速率高达4.35 mmol cm–2 h–1。相关工作不仅为醛类化合物电催化选择性加氢催化剂设计提供了新思路，还为电催化剂异质界面工程调控催化活性与选择性带来了更深的认识。

　　文章链接：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.4c08205

　　6、

　　2024年8月8日，西湖大学理学院石航团队在JACS发表了题为“Amination of Aminopyridines via η6‑Coordination Catalysis”的研究论文。石航课题组在研究中发展了吡啶环的η6配位活化策略，建立了钌催化的氨基吡啶与烷基胺的SNAr反应，为杂芳环的官能团转化提供了新策略。

　　文章链接：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.4c07306

　　7、

　　2024年8月8日，西湖大学工学院鞠峰团队在2024年8月于环境领域国际期刊Environmental Science & Technology上以副封面发表了题为“Discovery of Candidatus Nitrosomaritimum as a new genus of ammonia oxidizing archaea widespread in anoxic saltmarsh intertidal aquifers”的原创性论文。研究团队在中国江苏盐城湿地的潮间带含水层发现并命名了一个新的AOA属Candidatus Nitrosomaritimum，通过比较基因组学与宏转录组学方法揭示了该新属的系统发育多样性、分布规律及其在生物氮转化中的重要作用。

　　文章链接：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.est.4c02321

　　8、

　　2024年8月12日，西湖大学生命科学学院、西湖实验室唐鸿云团队在EMBO Journal发表了题为“Identification of BiP as a temperature sensor mediating temperature-induced germline sex reversal in C. elegans”的最新研究成果。利用模式生物秀丽隐杆线虫(C. elegans)，研究人员首次发现温度依赖型性别决定的关键温度感知因子BiP介导线虫生殖腺性别决定并解析不同性别决定模式转换机制。这一原创性发现部分解答了温度依赖型性别决定领域的关键问题，即温度是如何被感知并转化为性别调控信号的。同时也解析了不同性别决定模式之间的相互转换的机制，为研究自然界中生物个体灵活采用不同性别决定模式的策略带来了全新的理解。

　　文章链接：https://www.embopress.org/doi/full/10.1038/s44318-024-00197-z

　　9、

　　2024年8月12日，西湖大学医学院、西湖实验室施红军团队在 Genome Medicine 杂志上发表了题为“ENU-based dominant genetic screen identifies contractile and neuronal gene mutations in congenital heart disease”的最新研究成果。该研究进行了迄今为止最大规模的小鼠先心病正向显性遗传筛查。通过筛选一万多例小鼠心脏，发现了一千多例先心病，其疾病类型和分布与人群中的先心病发病情况极为相似，为鉴定新的先心病致病基因提供了基础。该研究首先建立了小鼠全基因组预期随机突变模型，并将实验观察到的突变频率与预期随机突变模型进行比对，鉴定与疾病显著相关的突变基因。同时，该研究首次对一千多例先心病人群携带的罕见显性遗传突变进行基因层面的遗传负担分析，并将人类基因分析结果与小鼠遗传筛选的结果相互验证。研究结果提示，基因突变导致的早期胎儿血流动力学改变可能是先天性心脏病的重要风险因素，并进一步提出了多基因致病模型，其中包括心脏收缩和神经调控基因，为先心病的预防和诊断提供了一个全新的视角。

　　文章链接：

　　https://genomemedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13073-024-01372-x  

　　10、

　　2024年8月14日，西湖大学生命科学学院、西湖实验室裴端卿团队在Nucleic Acids Research发表题为“ALKBH5 Governs human Endoderm Fate by Regulating the DKK1/4-mediated Wnt/β-catenin Activation”的研究论文，该研究首次揭示了ALKBH5在人体外早期内胚层发育过程中的调控作用及其分子机制，并系统地阐述了“ALKBH5-GATA6-DKK1/4-Wnt/β-catenin”这条对于早期内胚层命运决定不可或缺的调控路线。此外，这项工作还报道了经典Wnt通路负向调节因子DKK1/4在该体系中对Wnt/β-catenin信号通路的新型调控模式。

　　文章链接：https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkae707/7738000?login=true

　　11、

　　2024年8月19日，中山大学陈永明教授、刘利新教授联合西湖大学工学院助理教授张越在Nature Nanotechnology上发表了题为“Synthetic polypeptides inhibit nucleic acid-induced inflammation in autoimmune diseases by disrupting multivalent TLR9 binding to LL37-DNA bundles”论文，报道了针对自身免疫病的一种潜在治疗策略，即使用阳离子聚多肽清除患者体内游离的自体核酸(cell free DNA, cfDNA)，从而阻断自体核酸对Toll样受体9(TLR9)的异常激活和炎症反应。

　　文章链接：https://www.nature.com/articles/s41565-024-01759-2

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　　2024年8月19日，西湖大学工学院仇旻教授团队以“Precise and omnidirectional opto-thermo-elastic actuation in van der Waals contacting systems”为题，在Advanced Science发表研究成果，他们提出了一种在平坦固体界面上实现高精度光学微操控的技术，该操控技术可以驱动原本粘附在衬底上的材料在平面内实现任意方向、亚纳米精度的移动。

　　文章链接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/advs.202401418

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　　2024年8月20日，西湖大学工学院陆启阳团队在JACS上以“Deconvoluting Surface and Bulk Charge Storage Processes in Redox-Active Oxides by Integrating Electrochemical and Optical Insights”为题发表研究成果，他们基于耦合电化学与光学原位表征的方法，提出了一种新的模型，能够精确区分并量化表面与体相的电荷储存行为。

　　文章链接：https://doi.org/10.1021/jacs.4c09261

　　14、

　　2024年8月20日，西湖大学医学院郭天南团队联合中国人民解放军第二军医大学长海医院杨成华、高旭团队，共同在Cell Reports Medicine发表了题目为“Proteomic landscape profiling of primary prostate cancer reveals a 16-protein panel for prognosis prediction” 的前列腺癌蛋白组学新研究。文章鉴定了三种具有显著临床和蛋白质谱特征的前列腺癌分子亚型;提出并验证了一个由16种蛋白质组成的前列腺癌预后预测模型，该模型能够有效预测前列腺癌(PCa)患者的生化复发，其预测效能优于现有的基于临床参数的预测方法，可为高风险前列腺癌尽早提供有效的治疗干预措施提供指导;发现NUDT5和SEPTIN8可作为潜在的前列腺癌联合治疗靶点。

　　文章链接：https://www.cell.com/cell-reports-medicine/fulltext/S2666-3791(24)00400-2

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　　2024年8月24日，西湖大学生命科学学院、西湖实验室裴端卿团队在Nature Communications杂志发表研究论文，发现在体外细胞光-电实验中，额外添加ATR会增强ChR2产生的电信号，但减弱了KCR1产生的电信号。这一现象揭示了内源的ChR2/KCR1(endoChR2/KCR1)和添加外源ATR的ChR2/KCR1(exoChR2/KCR1)必然存在分子机制上的差异。并且，加入外源ATR后表达ChR2/KCR1细胞出现肉眼可见的颜色变化，且纯化后的endoChR2/KCR1和exoChR2/KCR1蛋白同样呈现不同的颜色，说明哺乳动物内源发色团不是简单的ATR。

　　文章链接：https://www.nature.com/articles/s41467-024-51811-x

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　　2024年8月26日，西湖大学工学院姜汉卿团队以“Energy-efficient dynamic 3D metasurfaces via spatiotemporal jamming interleaved assemblies for tactile interfaces”为题在Nature Communications发表研究成果。他们提出了一种三维超表面设计的新策略，其可实现动态刷新且不依赖持续的能量输入，可用于触觉界面的设计。

　　文章链接：https://www.nature.com/articles/s41467-024-51865-x

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　　2024年8月29日，西湖大学生命科学学院、西湖实验室裴端卿团队在 Nature Communications 发表题为“Activation mechanisms of dimeric mechanosensitive OSCA/TMEM63 channels”的研究论文，揭示了OSCA/TMEM63的全激活机理。

　　文章链接：https://www.nature.com/articles/s41467-024-51800-0

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　　2024年8月29日，西湖大学理学院吴颉团队与王鸿飞团队和工学院陆启阳团队合作在Advanced Science上发表了题为“Polar Metallicity Controlled by Epitaxial Strain Engineering”的研究论文。吴颉团队在研究中证明，极化金属性可以通过控制施加于NdNiO3薄膜的外延应力和控制薄膜的厚度来进一步设计和优化。认为通过外延应力诱导电极化性质的思路应该是普适的，适用于多种钙钛矿过渡金属氧化物。这使得通过外延应力将电极化性质铁磁以及超导性等融合于同一钙钛矿过渡金属氧化物材料体系成为了可能，为设计和合成多功能过渡金属氧化物材料开辟了一个新的途径。

　　文章链接：https://doi.org/10.1002/advs.202408329

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　　近日，西湖大学工学院齐国君团队提出了一种名为均衡扩散(Equilibrated Diffusion)的图像定制方法，该方法利用频率感知的文本嵌入和掩码引导的扩散过程，通过残差参考注意力机制增强图像与文本的一致性。该论文被A类国际学术会议ACM Multimedia 2024录用，并入选口头报告(Oral，比例3.97%)。论文地址：http://openreview.net/pdf?id=ERuypCHYvX代码地址：https://github.com/maple-research-lab/EqDiff

　　20、

　　2024年9月2日，西湖大学理学院王兆彬团队在Angew. Chem. Int. Ed.上发表了题为“Radical-Based Enantioconvergent Reductive Couplings of Racemic Allenes and Aldehydes”的研究论文。研究团队基于光氧化还原、铬和钴的三催化体系，成功实现了消旋联烯与醛的对映汇聚式的还原偶联反应。

　　文章链接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.202413198

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　　2024年9月3日，西湖大学工学院李文彬团队与李子青团队合作，在JACS Au上发表题为“Aggregation Rules of Short Peptides”的研究成果。他们联合开发了一种基于Transformer架构的人工智能(Artificial Intelligence, AI)模型，用于预测四肽及五肽的聚集倾向性(Aggregation Propensity, AP)。该研究量化了每个氨基酸对肽聚集倾向性的贡献度，为理解特定氨基酸如何影响聚集过程提供了深入见解。

　　文章链接：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacsau.4c00501

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　　2024年9月12日，西湖大学理学院邓力团队在JACS上发表了题为“Synthesis of α-Aminonitriles via Ammonium-catalyzed Reactions of Aminoacetonitrile”的研究论文。邓力教授团队开发了一种α-氨腈的绿色合成策略。该策略选用廉价易得且无毒的氨基乙腈盐酸盐为起始原料，操作简单，广泛适用于结构多样的α-氨腈合成，可放大生产，可衍生合成，因此具有发展成为通用性α-氨腈绿色合成的前景。

　　文章链接：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.4c09789

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　　2024年9月18日，西湖大学理学院、人工光合作用与太阳能燃料中心段乐乐团队在Angew. Chem. Int. Ed.上发表了题为“Metal-Free Wet Chemistry for the Fast Gram-Scale Synthesis of γ-Graphyne and its Derivatives”的研究文章。段乐乐课题组成功开发了无金属参与的亲核交联湿化学法路径，用于GY的克级快速合成。该合成策略具有良好的官能团耐受性和底物普适性，并已扩展到制备多种富氟和/或富氮的GY衍生物。特别是以六氟苯为反应底物快速合成GY及其衍生物的实验，降低了材料合成的时间和经济成本，显示出极大的应用潜力，这将有利于推动该类碳材料在催化以外领域的应用研究，为创新碳材料的发展铺平了道路。

　　文章链接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/anie.202411228

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　　近日，西湖大学工学院袁鑫团队提出隐式扩散先验增强的深度展开网络，引入了一种生成式的隐式扩散模型，通过在生成的无退化的知识先验来增强基于回归的深度展开网络。该论文被计算机视觉顶级会议ECCV 2024录用，并入选口头报告(Oral，比例约为2.3%)。

　　代码地址：https://github.com/Zongliang-Wu/LADE-DUN

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　　近日，西湖大学工学院杨林团队和林涛团队提出最大规模、专家验证的高质量病理大模型测试基准数据集PathMMU。该论文被计算机视觉顶级会议ECCV 2024录用，并入选口头报告(Oral，接受率约为2.3%)。

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　　2024年9月28日，西湖大学工学院Thomas Wanger团队受邀在Nature Communications期刊上发表了一篇综述论文，通过系统评价对已知和潜在的纳米/微米塑料的暴露途径进行了量化，并研究了其对昆虫传粉者和生物防治媒介的直接和间接影响。该论文重点关注了纳米/微米塑料污染对个体、农场和景观层面的直接和间接影响，并提出了未来研究的议程，以避免纳米/微米塑料污染对全球粮食生产造成严重但尚未被认识到的威胁。

　　论文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-024-52734-3

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　　2024年9月30日，西湖大学工学院雷亮团队以“Frozen saline sand can be highly permeable”为题在Geophysical Research Letters发表文章。他们发现，工程上用人工冻结法阻挡尾矿库或者核电站污染水渗流的措施可能是低效甚至无效的。此外，地下水中赋存的重金属离子、微塑料颗粒等污染物、微生物，甚至溶解在地下水的温室气体等都可能沿相互连通的未冻水通道快速输运。

　　文章链接：https://agupubs.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1029/2024GL111946

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　　2024年10月2日，西湖大学生命科学学院、未来产业研究中心，西湖实验室卢培龙团队与西湖大学医学院陶亮团队合作在Nature Communications 杂志发表了题为“De novo design of mini-protein binders broadly neutralizing Clostridioides difficile toxin B variants”的研究论文。该研究“从头设计”(de novo design)了一种广谱的迷你中和蛋白，能够以高亲和力结合多种艰难梭菌毒素B(TcdB)亚型，并在细胞及动物模型中表现出高效且广谱的保护作用。

　　文章链接：https://www.nature.com/articles/s41467-024-52582-1

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　　2024年10月4日，西湖大学医学院、西湖实验室郑钜圣团队联合中国疾病预防控制中心营养与健康所的合作者共同在国际杂志Cell Reports Medicine发表了题为 “The temporal dynamics of gut mycobiome and its association with cardiometabolic health in a nationwide cohort of 12,641 Chinese adults”的研究论文，并入选杂志当月的封面文章(Cover)。该研究首次基于万人级、全国性跨地域人群队列，全面刻画了人类肠道真菌的结构图谱及动态变化。研究揭示了肠道真菌在心血管代谢健康中的潜在作用，挖掘出若干心血管疾病相关的肠道真菌，为心血管疾病风险评估和早期预警提供了潜在的新型生物标志物。

　　文章链接：‍https://www.cell.com/cell-reports-medicine/fulltext/S2666-3791(24)00518-4

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　　近日，国际学术会议EMNLP 2024论文接收结果公布。西湖大学工学院人工智能系张岳实验室、蓝振忠实验室、王东林实验室、郑冶枫实验室共有9篇论文入选。自然语言处理中的经验方法会议(Empirical Methods in Natural Language Processing，简称EMNLP)由国际计算语言学协会ACL举办，是自然语言处理和人工智能领域重要的学术会议之一，在清华计算机学术推荐列表中认定为A类会议。EMNLP 2024将于11月12日至11月16日在美国迈阿密举行。

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　　2024年10月17日，西湖大学生命科学学院、未来产业研究中心，西湖实验室谢琦团队与曹龙兴团队合作在Nature Biomedical Engineering杂志发表了题为“Targeting overexpressed antigens in glioblastoma via CAR T cells with computationally designed high-affinity protein binders”的研究论文。该研究基于计算蛋白质设计的方法从头设计并筛选得到了针对胶质母细胞瘤表面的高表达的肿瘤抗原EGFR和CD276两个靶点高亲和力的迷你结合蛋白(Binder)CAR结构，同现阶段临床实验中的相同靶点的scFv CAR结构相比较，在临床前模型中Binder CAR显著提高了CAR T疗法对于胶质母细胞瘤的治疗效果。

　　文章链接：https://www.nature.com/articles/s41551-024-01258-8

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　　近日，中国计算机学会(CCF)推荐的A类国际学术会议NeurIPS 2024论文接收结果公布。西湖大学人工智能系19篇论文被录用。其中，李子青老师实验室录用8篇，郑冶枫老师指导学生录用3篇，MAPLE实验室、杨林老师实验室、李晓飞老师实验室、刘沛东老师实验室、林涛老师实验室、吴泰霖老师实验室、蓝振忠老师实验室各录用1篇，于开丞老师指导学生录用1篇。神经信息处理系统大会(Neural Information Processing Systems，简称NeurIPS)与国际机器学习大会(ICML)、国际学习表征会议(ICLR)并称“机器学习三大顶会”。据悉，第38届NeurIPS会议，将于2024年12月9日-15日在加拿大温哥华会议中心召开。

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　　近日，西湖大学工学院袁鑫团队提出首个低位量化的视频单曝光压缩成像重建框架Q-SCI。相关工作 “A Simple Low-bit Quantization Framework for Video Snapshot Compressive Imaging”以口头报告(Oral，接收率约为2.3%)的形式发表于计算机视觉顶级会议European Conference on Computer Vision(ECCV)。ECCV会议是计算机视觉三大顶级会议之一，录用论文代表了计算机视觉领域2024年最高的学术水平。

　　代码链接：https://github.com/mcao92/QuantizedSCI

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　　2024年10月，西湖大学生命科学学院、西湖实验室Kiryl Piatkevich团队与俄罗斯莫斯科国家研究中心"库尔恰托夫研究所"的Fedor Subach和美国底特律韦恩州立大学的Alice Walker合作发表的两篇最新论文中分别报道了名为NeIle和Thyone的新型实用生物传感器，它们给细胞内关键生化成分的研究带来了新的突破。NeIle侧重于对蛋白质合成和代谢所必需的支链氨基酸的可视化研究，而Thyone首次实现了哺乳动物细胞中硫酸根离子动态的可视化，这对许多生理功能的研究至关重要。这些传感器代表了生物学研究的重要突破，为科学探索和潜在的治疗方法开辟了新的途径。

　　(Thyone)文章链接：

　　https://www.nature.com/articles/s42003-024-07020-9

　　(Nelle)文章链接：

　　https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acssensors.4c01055

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　　2024年10月23日，西湖大学理学院、国际极化激元研究中心Pavlos Savvidis团队在Science Advances上发表了题为“Qubit Analog with Polariton Superfluid in an Annular Trap”的研究成果。研究人员开发了一个新型的模拟量子计算新平台，在极化激元的量子技术发展上又迈进了一步。

　　文章链接：https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.ado4042

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　　2024年10月29日，西湖大学生命科学学院、未来产业研究中心，西湖实验室裴唯珂团队和张延晓团队在Nucleic Acids Research杂志发表了题为“scLTdb: a comprehensive single-cell lineage tracing database”的研究论文。该研究开发了scLTdb (single-cell lineage tracing database, https://scltdb.com)，全球首个单细胞谱系示踪数据库。该数据库旨在为研究人员提供强大的在线工具，在单细胞水平分析细胞命运和谱系关系，并预测参与细胞命运调控的分子程序。

　　文章链接：

　　https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkae913/7848853

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　　2024年10月30日，西湖大学医学院 / 生命科学学院/ 西湖实验室 / 未来产业研究中心郭天南团队和西湖大学生命科学学院Kiryl D. Piatkevich团队合作在Nature Communications上发表了空间蛋白组学新研究“Spatial proteomics of single cells and organelles on tissue slides using filter-aided expansion proteomics”，介绍了滤膜辅助膨胀蛋白组学(FAXP)技术在空间蛋白组学中的应用。

　　文章链接：https://www.nature.com/articles/s41467-024-53683-7