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管理办法明确，中央高校基本科研业务费用于支持中央高校开展自主选题研究工作，使用方向包括：重点支持40周岁以下青年教师提升基本科研能力;支持在校优秀学生提升科研创新能力;支持优秀创新团队建设;开展多学科交叉的基础性、支撑性和战略性研究;加强科技基础性工作。
两部门在办法中强调，今后对中央高校培养优秀科研人才和团队、开展前瞻性自主科研、提升创新能力将给予稳定支持，并根据使用绩效和中央财力状况适时加大支持力度。中央高校可根据自身基本科研需求统筹规划，自主选题、自主立项，按规定编制预算和使用资金。
管理办法也在提高资金使用效率上有诸多规定，强调资金安排各个环节要公开公正，并将基本科研业务费纳入中央高校财务统一管理，专款专用。
管理办法还规定，基本科研业务费不得开支有工资性收入的人员工资、奖金、津补贴和福利支出;不得购置40万元以上的大型仪器设备;不得分摊学校公共管理和运行费用;不得作为其他项目的配套资金;不得用于偿还贷款、支付罚款、捐赠、赞助、投资等支出;也不得用于按照国家规定不得列支的其他支出。
此外，基本科研业务费的资金支付执行国库集中支付制度。发生的会议费、差旅费、小额材料费和测试化验加工费等，应按规定实行“公务卡”结算。劳务费、专家咨询费等支出，原则上应当通过银行转账方式结算，从严控制现金支付。
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