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在2011年度国家科学技术奖授奖项目中，全国高等学校获得国家自然科学奖二等奖23项，占总数（一等奖空缺，二等奖36项）的63.9%。
全国高等学校获得国家技术发明奖通用项目29项（一等奖2项，二等奖27项），占通用项目总数（一等奖2项，二等奖39项）的70.7%。2项一等奖项目均为高校获得。
全国高等学校获得国家科学技术进步奖通用项目162项（特等奖1项，一等奖6项，二等奖155项），占通用项目总数218项（特等奖1项，一等奖9项，二等奖208项）的74.3%。其中，高校为第一完成单位的105项（一等奖2项，二等奖103项），占通用项目总数的48.2%。
国家三大奖全国高等学校共获得214项，占总数（295项）的72.5%。其中，高校为第一完成单位的157项，占总数的53.2%。（以上统计不包含国防专用项目）。
高校在全国授奖项目中的高比例，再次说明高等学校的科研实力在不断增强，对我国经济发展和科技进步的贡献越来越大。尤其是2项国家技术发明奖一等奖项目均为高校获得，可以看出高校具有原始创新的能力，在中国特色自主创新发展过程中占有举足轻重的位置。
高校获2011年度国家自然科学奖项目目录 二等奖23项
| 序号 | 获奖编号 | 项目名称 | 主要完成人 | 学校 |
| 1 | Z-102-2-03 | 电荷转移分子体系光学非线性及超快全光开关实现 | 龚旗煌、胡小永、王树峰、杨 宏 | 北京大学 |
| 2 | Z-103-2-01 | 稀土纳米功能材料的可控合成、组装及构效关系研究 | 严纯华、张亚文、孙聆东、高 松 | 北京大学 |
| 3 | Z-103-2-03 | 几类无机材料的氢、锂、镁储存与电池性能研究 | 陈 军、李玮瑒、陶占良、程方益、马 华 | 南开大学 |
| 4 | Z-103-2-04 | 大分子自组装的新路线及其运用 | 江 明、陈道勇、姚 萍 | 复旦大学 |
| 5 | Z-103-2-06 | 纳米尺度和分子水平上生物信息获取的新原理与新方法 | 王柯敏、何晓晓、羊小海、杨荣华、唐志文 | 湖南大学 |
| 6 | Z-104-2-04 | 晚中新世以来青藏高原东北部隆升与环境变化 | 方小敏、李吉均、潘保田、马玉贞、宋春晖 | 兰州大学 |
| 7 | Z-104-2-06 | 典型污染物环境化学行为、毒理效应及生态风险早期诊断方法 | 王晓蓉、陈景文、尹大强、郜洪文、朱东强 | 南京大学 |
| 8 | Z-105-2-01 | 受体酪氨酸激酶介导的信号通路在突触发育和可塑性中的作用 | 叶玉如 | 香港科技大学 |
| 9 | Z-105-2-03 | 棉纤维细胞伸长机制研究 | 朱玉贤、秦咏梅、姬生健、施永辉、李鸿彬 | 北京大学 |
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